Laboratory/Institute: IAB

Director: Pierre HAINAUT

Team: Dept of Signaling Through Chromatin, group RNA and Epigenetics

Head of the team: Dr André Verdel

Name and status of the scientist in charge of the project: Dr Philippe BULET

HDR: yes☑

Address: Plateforme BioPark d’Archamps, Bat. Le Forum 2, 218 avenue Marie Curie ArchParc, 74160 Archamps, France

Phone: 0450432521/0612777819,

E-mail: philippe.bulet@univ-grenoble-alpes.fr

Program of the Master’s degree in Biology:

☑ Immunology, Microbiology, Infectious Diseases

 

Title of the project: Screening of bee haemolymph through an enzymatic assay to measure the impact of stressors on different bee pollinators

Objectives (up to 3 lines):

The main objective of this Master 2 internship project will be to test the potency of an enzymatic assay to follow at the individual scale the impact of stressors on the health of three well-recognized pollinators (Apis mellifera, Bombus terrestris and Osmia bicornis).

Abstract (up to 10 lines):
Pollinator decline presents a real issue that could have a significant impact on environment and economy. Over the last decade, researchers and organizations are dealing with this issue and trying to clarify how the environmental stressors could influence the pollinators. Nevertheless, more extensive investigations need to be conducted to better elucidate the physiological effects of the stressors on pollinators and to develop tools for monitoring bee health. We have identified in the A. mellifera, B. terrestris and O. bicornis a protease inhibitor that may represent a marker to follow bee health. Recently, we developed an enzymatic assay to quantify the activity of this inhibitor. Within this internship project, you will have to screen the activity of the inhibitor to evaluate if this may represent a key marker to follow the impact of stressors on bee health. For this you will benefit from hundreds of haemolymph samples collected within the frame of our EU project PoshBee.

Methods (up to 3 lines):
You will have to (i) analyze the haemolymph using MALDI mass fingerprints, (ii) purify and characterize the protease inhibitor, by LC and LC-ESI-MS/MS; and (iii) develop an enzymatic assay that may serve to monitor bee health.
You will have to work on living bees so you need to have no known allergy related to bee venom.

Up to 3 relevant publications of the team:

1. Arafah K, Voisin SN, Masson V, Alaux C, Le Conte Y, Bocquet M, Bulet P. MALDI–MS Profiling to Address Honey Bee Health Status under Bacterial Challenge through Computational Modeling. Proteomics 2019, doi: 10.1002/pmic.201900268
2. Houdelet C, Sinpoo C, Chantaphanwattana T, Voisin SN, Bocquet M, Chantawannakul P, Bulet P. Proteomics of Anatomical Sections of the Gut of Nosema-Infected Western Honeybee
(Apis mellifera) Reveals Different Early Responses to Nosema spp. Isolates.J Proteome Res. 2021 Jan 1;20(1):804-817. doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00658
3. Houdelet C, Bocquet M, Bulet P. Matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry biotyping, an approach for deciphering and assessing the identity of the honeybee pathogen Nosema.Rapid Commun Mass Spectrom. 2021 Feb 15;35(3):e8980. doi: 10.1002/rcm.8980.

Requested domains of expertise (up to 5 keywords):
Biology, Mass spectrometry, Chromatography (HPLC), Immunology, Protein chemistry

Language of writing:
French, English

Person of contact:
Dr Philippe BULET, PhD, HDR, Research Director CNRS
Email @ philippe.bulet@univ-grenoble-alpes.fr
phone @ +33(0)450432521 or +33(0)612777819

Laboratoire d’accueil : Plateforme BioPark d’Archamps
Directeur : Dr Philippe BULET
Téléphone : 04 50 43 25 21

Adresse : Plateforme BioPark d’Archamps, ArchParc, Bat. Le Forum 2, 218 avenue Marie Curie, 74160 Archamps

Titre du projet : Traitement des données protéomiques issues de l’analyse d’hémolymphe suite à l’exposition des abeilles à différents stresseurs.

Objectifs : Les objectifs de ce projet de stage de Master 2 seront d’analyser les données protéomiques afin d’étudier les modifications du protéome sur différentes espèces d’abeilles (Apis, Bombus, Osmia) suite à une exposition à des stresseurs abiotiques (ex : pesticides) et/ou biotiques (ex : maladies).

Résumé : Le déclin des pollinisateurs représente une préoccupation majeure. Au cours de la dernière décennie, des chercheurs et des organisations se sont penchés sur cette question et ont tenté de clarifier comment les facteurs de stress environnementaux (abiotiques et/ou biotiques) pourraient influencer la santé des pollinisateurs. Néanmoins, des investigations plus approfondies doivent être menées pour mieux élucider les perturbations moléculaires. Le sang de pollinisateurs est utilisé comme matrice biologique. Dans le cadre du projet européen PoshBee n°773921, nous avons accumulé des données protéomiques sur l’impact de différents facteurs de stress sur plusieurs pollinisateurs que nous souhaitons analyser en profondeur à l’aide d’outils bioinformatiques et biostatistiques appropriés. Cela nous permettra de décrypter l’effet de ces facteurs de stress sur le protéome et d’identifier les voies biologiques dérégulées/impactées.
Déroulement du stage : Lors de son stage, l’étudiant(e) sera amené(e) à (i) analyser les modifications du protéome à l’aide d’outils bioinformatiques dédiés tels que Proteome Discoverer™ et ClinProTools™, (ii) effectuer des analyses d’ontologie génétique pour étudier les processus biologiques qui sont dérégulés en réponse aux facteurs de stress à l’aide de OmicsBox, (iii) traiter les données et les résultats à l’issue des études protéomiques au moyen des outils biostatistiques tels que le logiciel R, et (iv) agréger ces données sous la formes de tableaux Excel adaptés à la création d’une base de données.

Compétences recherchées :
Bonnes bases en biologie, compréhension du fonctionnement de la spectrométrie de masse, bioinformatique, et un bon niveau en anglais.

Niveau demandé :
Master 2 ou équivalent

Durée et dates du stage :
4-6 mois, de préférence à partir de Janvier 2023

Personnes à contacter (responsable du stage) :
Dr Dalel Askri
Téléphone : 04 50 43 25 24; e-mail : dalel.askri@biopark-archamps.org

Publications récentes du laboratoire :
doi: 10.1002/pmic.201900268
doi: 10.1016/j.isci.2020.100828
doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00638
doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00851
doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00658
doi: 10.1021/acs.jproteome.0c00658